با سه مرحله‌ای که گفته شد، مقدّمات تحقیق و آماده‌سازی بستر پژوهش انجام می‌شود.

مرحلۀ چهارم: اندیشه‏‏ورزی و نقّادی

پژوهش واقعی که حاصل اندیشۀ حدیث‏پژوه است و کاروان دانش را به پیش می‏برد، در این مرحله شکل می‏گیرد. برای اندیشه‏ورزی نیاز داریم همۀ مطالب فراهم آمده در مرحلۀ قبل را یک‏جا گرد آوریم و با دسته بندی آنها پروندۀ علمی غنی و سرشاری شکل دهیم. بخشی از این پروندۀ علمی را باید متناسب با مشکل شکل داد؛ امّا بخشی نیز با تحلیل، بررسی و نقّادی فرآورده‏‏های علمی پیشینیان، به دست می‏‏آید. نقاط قوّت و ضعف تبیین‏‏ها باید دسته‏بندی شوند و با معیارهای مقبول و شایسته، ارزیابی‏ای نقّادانه و دقیق گردد. همچنین جایگاه و ارزش علمی هر یک از راه حل‏‏ها و نظریّه‏ها شناسایی و مشخّص شود.

در این میان، احتمال دارد که برخی تبیین‏‏ها و پاسخ‏ها پذیرفته و برخی دیگر رد و تعدیل گردند و تنها قسمتی از راه حل پذیرفته شود. برخی نیز ممکن است در برابر استدلال‏های منطقی و علمی تاب نیاورند و مردود شمرده شوند، چنان که ممکن است در مواردی با رفع اشکال، راه حلّ جدیدی پدیدار شود.

مرحلۀ پنجم: گزینش رأی نهایی

گزینش نظر برگزیده، نیازمند آگاهی‏‏های گستردۀ علمی، طرّاحی درست پژوهش، اندیشه‏ورزی، رویّۀ نقّادانه، روحیّۀ منصفانه و قدرت حدس صائب است. چنین رویکردی پژوهشگر را در پرتو کوشش علمی و بررسی و تحلیل اندوخته‏ها به نتیجۀ مطلوب نزدیک کرده، به گزینش رأی نهایی می‏رساند.

رعایت انصاف علمی در این مرحله، بسیار مهم است و موجب می‏شود که گرفتار دوگانگی در رد و قبول آرا نشویم. رعایت انصاف علمی، به این است که وقتی در حلّ مشکل یا نقد یک راه حلّ، از معیار و ملاکی استفاده می‏کنیم، در سنجش دیگر مطالب و اندیشه‏‏ها و آرای خود نیز، از همان معیار و ملاک استفاده نماییم.