ارکان پژوهشگاه عبارتند از:
۱-۱ مؤسس؛
۱-۲ هیأت امنا؛
۱-۳ رئیس پژوهشگاه؛
۱-۴ شورای عالی پژوهش؛
۱-۵ بازرس.

وظایف و اختیارات مؤسس
ماده۳: وظايف و اختيارات مؤسس به شرح زیر است:
۳-۱ اخذ امتياز تأسيس و ديگر مجوزهاي لازم از شورای گسترش آموزش عالی و سایر مراجع ذي‌صلاح؛
۳-۲ تدوين اساسنامه پژوهشگاه و پيشنهاد آن به شورای گسترش آموزش عالی؛
۳-۳ ثبت پژوهشگاه در اداره ثبت شرکت‌ها پس از صدور مجوز تأسیس شورای گسترش آموزش عالی؛
۳-۴ انتصاب اعضای حقیقی هيأت امنا و اعلام به شورای گسترش آموزش عالی و عزل هر يك از آنان؛
۳-۵ فراهم نمودن مقدمات و امكانات لازم براي شروع و ادامه فعاليت پژوهشگاه؛

وظایف و اختیارات معاون پژوهش به صرح زیر می­باشد:
            ۲۱-۱ طراحی و پیشنهاد اهداف، برنامه­ها و اولویت­های پژوهشی پژوهشگاه با همکاری معاونت پژوهشکده برای ارائه به رئیس پژوهشگاه؛
            ۲۱-۲ بررسی طرح‌های پژوهشی و ارجاع آن به مراجع ذی­صلاح؛
            ۲۱-۳ تدوین طرح‌های خاص و سفارشی پژوهشی پژوهشگاه برای طرح در شورای عالی پژوهش؛
            ۲۱-۴ برنامه­ریزی، ساماندهی و نظارت بر فرآیند اجرای طرح­ها و برنامه ها و ارائه گزارش عملکرد به رئیس پژوهشگاه؛
            ۲۱-۵ ارزیابی نهایی تولیدات علمی و ارائه به رئیس پژوهشگاه برای تایید نهایی؛